Flagą Gminy Klucze jest prostokąty płat o proporcjach 5 : 8, dzielony w pas o proporcjach 3 : 1, w barwach: czerwony — żółty; na szerokim pasie dwa skrzyżowane klucze uchwytami do góry żółte.

Występujące na fladze kolory bezpośrednio odnoszą się do barw herbu gminy.

 

Barwa czerwona to kolor królewski (wielowiekowa przynależność do królewskich starostw w Ogrodzieńcu i Rabsztynie), a także jedna z barw herbu woj. małopolskiego i powiatu olkuskiego; barwa żółta, to symbol dostojeństwa, ciepła, światła i bogactwa tych ziem. Kolor żółty występuje również w herbach woj. małopolskiego i powiatu olkuskiego. Występujący na fladze wizerunek kluczy bezpośrednio nawiązuje do nazwy gminy.